На gentoo-wiki.com опубликована статья, посвященная установке минимального (несколько десятков мегабайт) Linux на USB Flash. В статье подробно описана установка только базовой системы, однако дальнейшие операции (такие как установка X.Org) делаются уже по обычной схеме и проблем быть не должно.

Статья